Компания вела деятельность, облагаемую по общей системе налогообложения – оптовую торговлю. При проверке инспекция установила, что организация также осуществляет деятельность, подпадающую под ЕНВД, – розничную торговлю и оказание транспортных услуг. Компания учитывала расходы по всем видам деятельности по общей системе налогообложения, а ЕНВД не исчисляла и не уплачивала.
В ходе выездной проверки инспекция установила, что у компании отсутствует раздельный учет доходов и расходов по общей системе налогообложения и ЕНВД. В связи с этим ИФНС определила размер затрат, относящихся к деятельности, подлежащей обложению ЕНВД, пропорционально сумме выручки, полученной от данной деятельности. На основании данных расчетов инспекция вынесла решение о доначислении налога на прибыль в сумме около 200 000 рублей, начислении пеней и штрафа.
Организация не согласилась с решением инспекции, в том числе относительно метода расчета суммы налога на прибыль и обратилась с заявлением в суд.
При рассмотрении дела установлено, что компания составляла накладные, счета-фактуры на реализацию товара при розничной торговле, вела в установленном порядке книги покупок и продаж, учитывала каждую хозяйственную операцию.
В рамках выездной проверки компания представила все эти документы налоговому органу, однако инспекция не использовала их для определения состава расходов, относящихся к деятельности, подлежащей обложению ЕНВД. Компания также представила расчет затрат, относящихся к названной деятельности, но ИФНС не проверила и не опровергла его.
Таким образом, у инспекции имелась вся необходимая информация для проверки правильности исчисления налоговых обязательств по данной деятельности (розничная торговля, транспортные услуги), поэтому суд признал неправомерным определение расходов расчетным методом.
Документ включен в СПС «Консультант Плюс»
ПОСТАНОВЛЕНИЕ ФАС Волго-Вятского округа от 08.07.2010 № А79-9298/2009 
